Ahhh! Vale.
A ver mobileuncle nunca lo he usado para instalar ROM, asi que no se.
Flash tool se usa para instalar el firmware oficial, es decir la ROM stock, estas normalmente vienen sin root, y la configuración del móvil esta pensada para usarlo en Asia.
(A parte el flash sirve para sacarte de apuros en caso de un brick)
Recovery se usa para instalar ROM personalizadas, modificadas, con root y normalmente con la configuración para usar el teléfono en Europa.
Ahora tu decides que quieres instalar y según lo que quieras tendrás que usar un método u otro
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