Dadme un poco de tiempo, que entre que leo en XDA y luego aquí... XD
Vamos a ver, como bien ha dicho @tiggerbcn el problema viene tras instalar la ROM, que pierdes el CWM y no puedes instalar el fix del root. Pues habrá que reinstalar el CWM vía fastboot, o usando toolkit. Aunque me imagino que si tras instalar la ROM, se flasee el fix sin reiniciar no habrá problema.
PD: yo tampoco entiendo los wipes esos después de instalar la ROM, pero es lo que comentaban. Cuando tenga la oportunidad de instalarla os cuento.