No sé si estaré un poco ciego pero es que no veo la "mancha" que mencionais
¿puedes poner una foto de más calidad y marcar a lo que te refieres?
Respecto a lo de hard reset y restablecer de fábrica no tiene nada que ver una cosa con la otra, un restablecimiento de fábrica aplica la configuración de serie del terminal eliminando cualquier configuración o aplicación instalada (también borra fotos y demás) pero no elimina la caché de /system ni algunos archivos de /system, mientras que un hard reset lo que hace es borrar completamente la nand del smartphone y volver a escribir desde 0 el sistema operativo creando de nuevo las particiones necesarias para su funcionamiento, vamos como formatear el ordeandor totalmente para instalarle de nuevo otro sistema, el hard reset te permite además ir saltando a la versión de firmware que quieras, puedes poner tanto la 1.1.0 o la 1.4.0 según tu gusto.
Yo siempre hago hard resets para actualizar, manía personal, nunca me han gustado las OTA, una vez una OTA de Orange se me cargó mi pobre HTC One S y en otra ocasión una me hizo perder los IMEI en el Galaxy S1 hará unos 5 años, yo siempre actualizo todos los moviles desde el PC.