si quieres que vuelva a funcionar el companion , deberías flashear de nuevo una stock rom, aunque quizas flaheando solo kernel, te funciona.
El mismo kernel.elf que has debido extraer para parchearlo.
Si no, pues te tocará ir actualizando por flashtool, aunque ten en cuenta, que cada nueva versión que flasheas, necesitará su kernel rooteado. Al menos hasta donde yo se.