Usa el BeLight, es un conversor de audio de muchísimos formatos. Vamos ya te digo que es lo mejor de lo mejor para AC3 o para cualquier formato, con multitud de opciones.
En la instalación tendrás que usar el BeSweet, que es el programa de conversión de la suite pero ya te digo que de los muchísimos años que llevo usándolo es de lo mejor.
Te dejo este enlace que te guiará un poco:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=18
Por cierto es gratuito, así que a disfrutar.
Yo aún espero mi tablet que el Corteingles no termina nunca de mandarme desde el día 3 de julio que estoy esperando, así que haber que remedio, cuando la tenga ya ayudare en el foro todo lo que pueda.
Por cierto para el mkv, usad el mkvextractgui para sacar la pista de audio, la convertís y luego mkvmerge para multiplexar.
Ahora estoy de vacaciones en la playa y no puedo, pero cuando llegue a casa por si alguien no sabe os hago un pequeño tutorial para pasar mp4 a mkv y viceversa sin perdida ninguna de calidad de video ni audio y sin conversiones, solo cambio de contenedor.
Ya me contareis que tal. Saludos.