La diferencia es que titanium te deja respaldar el data/configuraciones de las aplicaciones.
El sistema de Samsung o Google no te permiten eso.
Dicho en español, para respaldar el progreso de tus juegos etc requieres titanium o alguna app que haga backup mediante root. Las que son sin root solo te respaldan el apk.
Con titanium no puedes exportar De s3 a s4 lo que son llamadas/mensajes/notas del smemo.
Para respaldar lo de Samsung, si estas en una rm oficial ve a cuentas y por ahí viene una de backup de Samsung que sincroniza el smemo y demás. (yo te recomendaría pasarlo a keep)