a mi me ha pasado tambien bastante eso pero he descubierto que lo hace cuando muevo las canciones de sitio o de carpeta, si no las toco en teoria permanecen en la lista.
No creo que sea de la tarjeta porque cuando no tenia microsd tenia la lista hecha, y al comprarmela y pasar la musica a la sd se me borraron las camciones de la lista a pesar de estar todas disponibles en el reproductor