Tal y como dice fozzy, no se puede. Los dos equipos deben estanr conectados POR CABLE (misma topología física de red) a LA MISMA RED, sin tener que pasar por ningun router (dispositivo de capa de red) ni nada por el estilo (a excepción de hubs y switchs, que trabajan en las capas 1 y 2 respectivamente).
El WOL funciona con direcciones MAC, que estan la capa de enlace del modelo OSI (capa 2), las direcciones IP estan en la capa de red del modelo OSI (capa 3), es decir, están a un nivel superior que las tarjetas de red por sí solas no son capaces de comprender sin un S.O. que las interprete (las tarjetas de red, realmente, trabajan en capa 2).
Sino, imaginaos la de agujeros de seguridad que tendría el WOL, estoy en mi casa y poniendo direcciones MAC aleatorias apago / enciendo los ordenadores de todo el mundo, sin saber de quienes son ni nada...