El root no se pierde al hacerle un wipe, sólo te limpia el movil de todos los datos personales, contactos, configuraciones etc que le hayas metido (los contactos se pueden recuperar si usas el gmail y lo tienes sincronizado con los contactos de ahi).
Para quitar el root, al menos el método que yo conozco es instalarle la ROM de Yoigo limpia, encima de la otra. Eso te lo deja igual que como venía en la caja.