Tienes el bootloader desbloqueado? Con el bootloader desbloqueado parece que no llegan las actualizaciones por OTA. Y si tienes root, es seguro que no se actualiza.
En principio, no veo ninguna razon para que no salten las actualizaciones por OTA con un sistema intacto. Creo que el servidor OTA solo ve el software, excepto que filtren también por IMEI. Por eso te lo preguntaba.