y si funcionan correctamente? pueden estar instaladas pero no funcionen correctamente por ejemplo: con el root xplorer puedes ir a app y eliminar una aplicacion de las de fabrica que no sirven para nada? o mejor aun puedes copiar el apk y subir el flash player es algo que ya no estara en el market
el ser root no es solamente tener el superuser instalado y ya se a dicho si se hace update con ota oficial se pierde el root.