Si eres Root usa Titanium Backup y podrás hacer una copia de seguridad en la SD de cualquier aplicación antes de quitarla.
Si reinstalas la ROM desde un archivo pues volverás a tener las apps que vengan en ese archivo. De todas formas por el Maps no deberías preocuparte ya que se encuentra en el Android Market y lo podrás volver a descargar siempre que lo necesites (seguramente lo necesites justo después de borrarlo porque siempre pasa
)