Para restaurar WHATSAPP, prueba haciendo una copia de la carpeta a la SD. instala la nueva rom, copia de nuevo la carpeta en la memoria interna y luego instala desde play Store el whatsapp. Activa TODOS los permisos desde AJUSTES .. APLICACIONES.... Y recién inicia la app.
Te va a dar la opción de RESTAURAR (a lo que dices que si) y se cierra.
Lo inicia de nuevo. Y listo.