No tiene nada que ver la version de windows con la de java, puedes tener un windows de 64 bits y puedes poner perfectamente un java de 32 bits, porque donde usas el java es en el navegador... tienes que comprobar que tu navegador sea de 64 bits para ponerte java de 64 bits, si usas firefox con instalar java de 32 bits es suficiente, puesto a todo lo que se diga o encontreis no existe version oficial firefox de 64 bits, repito OFICIAL, es vuestra responsabilidad el instalaros dicha version de 64 bits, los bits referidos al sistema operativo unicamente influye en otra clase de programas (antivirus, office...) no en el java, el java practicamente el 98% de las personas usaran el de 32 bits, o dicho de otra forma, el que te sale para bajarte de sus misma pagina.
http://www.java.com/es/download