Para instalar las actualizaciones vía OTA básicamente lo que necesitas es tener el stock recovery y la stock rom, no vale customs, solo la stock, de esa forma se instala sin problemas, como dato adicional aunque no estoy seguro del todo se tiene que volver a bloquear el bootloader.
En caso de que no funcione o siga fallando lo mejor es instalar una RUU y así dejarlo como nuevo, al hacer eso pues se pierde el root y todos los archivos del teléfono.