un launcher es una aplicacion, osea, un apk. No entiendo que diferencia puede haber de instalarla desde el sistema a instalarla desde el recovery.
el TW-launcher creo que no lo vas a poder quitar porque si estas en una rom de samsung te va a cascar todo el telefono.
si tienes problemas, borra todos los datos de configuracion de ambos launchers, desisntala el go, y lo reinstalas... y si no funciona, yo me pensaría en re-flashear porque eso no es muy normal
