Yo en su día, tuve el mismo problema, me dice que faltaba el archivo flash_all_except_storage, y es que en la carpeta de las roms del xiaomi mi3 solo aparece flash_all y flash_all_except_data_storage.
Si lo haces con el flash_all, te borra todo el contenido de la sd y si lo haces con el otro, no te borra los programas. Para una instalación limpia mejor con el flash_all.
Con el móvil en fastboot y dándole al flash_all.bat, me restauró de fábrica el móvil, pero no se si es muy seguro. Ya digo que a mi me funcionó, teniendo ese problema.