Supongo que tienes hecha una partición ext para pasar la caché de las aplicaciones a esa partición. El resto de la tarjeta se formatea desde ajustes-almacenamiento-formatear sd, esto solo debería de formatear la partición principal Fat, y la otra con sus aplicaciones quedaría intacta.
Si lo que quieres es eliminar también las aplicaciones haz un factory reset y después formatea desde ajustes la tarjeta y lo tendrás impoluto.
Importante, antes de eso copia la agenda del móvil, ya que perderás todo lo que tengas en él. En el menú de agenda tienes una opción importar-exportar, dale a exportar a Sd, y te creará un archivo con todos los contactos, y nada mas hacer el factory reset, le das a importar contactos de sd y restáuralos.
Después formateas la tarjeta y listo. Mantén actualizada la copia de los contactos para evitar problemas.
