A ver... vamos por partes...
Si las carpetas las creó un virus desde windows, es posible.. pero los virus de Windows no afectan a Android. Es como un virus de un perro, que no afecta a los humanos!
Con seleccionar los accesos y borrarlos a mano, sobraría.
Lo del wifi... no tiene mucho sentido! Ya que las carpetas no afectan al rendimiento de los componentes de sistema tipo el wifi... si te pasa en algún wifi a parte de en tu casa, deberías cambiar la radio o la rom para descartar un fallo de hardware. Si te pasa solo en casa, es cosa de tu router.