No sé a los demás, pero a mi no me funciona bien el Flashtool 0.9.10.1, cada vez que se me olvida (y actualizo desde la 0.9.5.0) me toca desinstalar y volver a la 5 ya que perdí la 9.9 y esa es la única que tengo el exe... pero me va de maravilla.
Recuerdo haber leído que hay mucha gente a la que le falla la última versión.
Uso Win7 64 Ultimate