Me vuelvo a responder a mí mismo.
Si pone Unlocked, es que ya puedes der root, lo del S-ON no importa. Parece que cuando haces el desbloqueo oficial es así como tiene que ser.
En cuanto al problema de los permisos, debería ser algo de Windows 7 que no hacía bien. Repetí el proceso con Linux (Ubuntu 12.04) y lo conseguí hacer.