Si vas a Flashear tu la ROM, vas al Recovery CWM y le das a wipe factory Reset (Esto te hace un wipe de todo y no hace falta hacer despues wipe cache y el wipe dalvik cache o los famosos 3 wipes como se suele decir... no hace falta por que el wipe factory Reset hace todo esto ya por si solo y es algo que la gente ha ido difundiendo por ahí.. )
Después vas a mounts and storage y le das a /format system esperas a que firmate el sistema y después a /format sdcard y te quedara limpio de cojones
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Si vas a actualizar la OTA de JB, cuando te salte le das a si y esperas a que se instale y después de instalarla y de tener Jelly Bean, formateas la unidad Sdcard, bien sea desde el movil o bien sea desde el ordenador, después le das a restablecer datos de fábrica y esto te formateara todo dejándolo como salido de fábrica con JB.
Saludos