La única manera de quitar cualquier rastro es con el .exe oficial. Se puede meter la ROM sin rootear y demás, pero para cambiar el recovery necesitas ser root, y para meter ROM sin root necesitas el recovery. Lo único manera que se me ocurre es meter el recovery original, y luego mediante adb fastboot meter la ROM sin rootear. Y para hacer eso o el teléfono tiene su tiempo, o ya no se puede.