alexbm solo te puedo decir que cuando estuve haciendo el .bat para el rooteo lo probé entero como unas 10-15 veces y no tuve ese problema ninguna vez y lo estaba haciendo igual que tu, con el r5-desire-root_HBOOT_0.75_custom_spanish-V2.zip y Windows 7 Pro de 64 bits. El recovery son los últimos pasos del sistema de rooteo, así que si el problema esta en uno, debería estar también en el otro.
Yo no iniciaba sesión como Administrador, lo que hacía era para abrir el CMD le daba a click derecho y "Ejecutar como Administrador", no hacía nada mas.