Muchas gracias @esticbo, como le comenté a @intronauta ese sistema funciona pero me daba problemas solo con la creación del md5 del backup y ya encontré por que

Tenia un bat creado y me faltaba una de estas >
Por eso el error y cuando lo hacia manual no me daba problemas

De todas formas tu enlace me lo guardo, que ese tipo de lectura es la que me gusta

No se si @alvhergon lo mira se pueden poner los 2 métodos con el Galaxy y el de Cygwin