Puedes usar el hboot stock sin problemas , solo que tendras unso megas menos en la particion DATA para meter aplicaciones, fijate en la pagina de alpharev el tamaño de las particiones entre los hboots stock y data++
Lo de la particion lo mismo puedes usar la ext4 , solo que cuando configures la aplicacion S2E que permite pasar las aplicaciones a la particion EXt, tienes que ir a la configuracion de la aplicacion y marcar la casilla como "montar como EXT4" porque si no no te reconoce la particion EXT4 , con particion EXt3 no hay que marcar nada la detecta automaticamente