Hola. Creo que yo he tenido el mismo problema y lo resolví de la siguiente manera.
Entra en Contactos --> Opciones de visualización, y donde pone tu nº de móvil y abajo whatsapp despliega y marca "Todos los contactos". Al volver a la lista de contactos verás que ahora muchos aparecen duplicados. Utiliza la herramienta para fusionar contactos para unificarlo todo.
Espero que te sirva!
