Bueno el checkin no era el problema sino otro apk, el cual he cogido de la 1.6.2 de apanda ya que estaba modificado con un .odex.
El backup lo hice con adb con el telefono arrancado normal como root.
Algo similar al tuto de backup del boston pero con movil normal.
Por cierto el ejecutable para hacer los .img está metido en la rom ;)