Tenía este problema y la verdad es que es bastante incómodo y puede resultar embarazoso. Esto demuestra como los servidores de WhatsApp guardan la agenda al completo, a saber que hacen con esa información sin darnos cuenta.
Para solucionar que en Android no nos salgan contactos ya borrados de la agenda, debemos ir a a los ajustes del teléfono:
Ajustes --> Cuentas --> "Aquí tendremos una cuenta de WhatsApp así que la seleccionamos" --> Borramos la cuenta.
De esta forma no se borra WhatsApp ni los historiales ni nuestra vinculación con el teléfono, solo se borra la sincronización actual de nuestra agenda. Después de esto al volver a abrir WhatsApp todo estará igual, pero en esta ocasión solo saldrán los contactos actuales de nuestra agenda.
Espero que les funcione. Un abrazo!!!