Pues ahi esta el problema, cada tema lleva unos archivos y estos se referencian en el archivo publics.xml si algo esta diferente pues pasan estas cosas....
Lo mejor es destripar todos los archivos de ese theme e ir pasando archivos 1 a 1 a mis apks, es un currazo pero si te mola es la unica solucion. Mientras tanto, si quieres tener todo en su sitio recupera un backup o vuelve a flasear la 1.4