El kernel no és, es el mejor kernel hacho para un JB.
Lo de las notificaciones, no recuerdo que la stock JB tenga 'quiet hours', o 'perfiles', pero si lo tiene y lo usas para dormir, seguramente tiene un conflicto de configuración entre ellas, también puedes combinar los ajuste de Whatsapp y demás con los ajustes de Sonido. No sé decirte más, pero el kernel no es el problema.