Después de escribir el post pensé que en tus anteriores Mods de la ROM de Elite nunca había notado diferencias cuando cambiaba los DPI así que tome el archivo SecLauncher2.apk de uno de tus Mods, eliminé el que tenía instalado, copie el nuevo, le di permisos, cambié los DPI, reinicié, dos wipes y fix permisions (por si las moscas, pues no se si era necesario) y al reiniciar me funciona sin FC y con el DPI a 210.
Muchas gracias por todo, pues si no fuera por todo tu trabajo y las explicaciones que das a las dudas que surgen no hubiera pensado en esta solucion.
Saludos.