la memoria interna del movil, crea dos particiones. Una es la memoria de apps, y la otra de datos.
Si borras la Sd, borras la particion que esta creada para datos: Fotos/videos/sonidos/apps que hayas pasado a la Sd.
Las apps no se borraran si estan en la particion de apps, y la basura si esta en la particion de apps tampoco.
Espero haberme explicado.