Se que cygwin simula el entorno Linux, si no fuera así, ni siquiera serviría en Windows, asta ahora no era compatible por el echo de necesitar las herramientas integradas en el sistema, ahora será independiente.
Será lo mismo, tanto en cygwin cómo en Linux, la única diferencia es que en Windows tendrás que ir a las carpetas de cygwin y hacerlo desde hay o crear accesos directos, pero la cocina deberá estar en la carpeta correspondiente, y en Linux puedes usarla donde te plazca.
PD: No se realizará la cocina nativa para Windows, pues yo no lo uso.