Hasta el momento no he usado SetCPU y no te sabria decir si presenta problemas con Seeder y Greenify, pero uso No-frills CPU junto con los otras dos app y no he tenido problemas hasta el momento.
Si tienes una rom bien optimizada (sin bloatware, un buen kernel, scripts init.d, etc), no es indispensable tener dichos programas, pero es recomendable para mitigar casos puntuales como:
- Greenify: Controla las app que se siguen ejecutando en segundo plano, mejorando la autonomía de la batería y el consumo elevado de ram.
- No-frills CPU (y otras app de este tipo): Te permiten elegir el governor, el scheduler y las frecuencias del procesador ideales a tus necesidades (mejorar redimiento, autonomia de la batería, etc), es cuestión de probar y elegir la configuración que quieras.
- Seeder: Así de simple, reduce o en ciertos casos elimina el condenado lag.