Setcpu solo modifica la frecuencia de la CPU, no trabaja con procesos, así que nada que ver con task managers.
Autokiller y advanced task killer son filosofias diferentes, pero no incompatibles.
El primero marca límites para la cantidad de aplicaciones que se mantienen en memoria y el segundo permite seleccionar los procesos que queremos matar y hacerlo manualmente o automaticamente.
En mi opinión, el primero es fundamental, pero el segundo solo es útil para matar procesos que no están funcionando bien, comprobar la memoria disponible y poco más. Si seleccionas matar automáticamente procesos puede haber conflictos entre las dos, aunque ni lo he probado.