Lo que puedes hacer es instalar-cambiar el mms.apk y ponerle el de la versión 2.0, por ejemplo.
Del zip de la versión 2.0, sin descomprimir, con el 7.zip abres comprimido y vas a app, y copias la mms.apk al escritorio. De ahí, pasas el mms. apk a la sdcard, y con el root explorer (o el que utilices) lo copias y sobreescribes en system>app. Le das los permisos correspondientes, reinicias y listo.
No sé si lo has hecho alguna vez. Ya me dirás.
Por otro lado, para no tener que andar pendiente del sms del whatsapp cada vez que instalas, yo lo que suelo hacer es una copia del whatsapp con el titanium backup antes de instalar otra rom. Luego en la nueva instalación, vuelves a instalar el titanium, restauras la copia del whatsapp, datos (si ya has instalado la aplicación) y listo: no te pide los datos iniciales para dar de alta porque los ha guardado y directamente los aplica junto a los mensajes whatsapp guardados en el backup realizado.
¿Me explico?