Supongo que el problema puede venir por restaurar app+datos en roms diferentes.
Lo de los permisos manualmente, entra en SuperSU y mira el registro, y borra todas las entradas que correspondan a llama... Si no existe ninguna, es que llama no consigue pedirlos... En ese caso, casi te recomiendo que lo desinstales y los restaures de nuevo (pero solo app, no lo datos)