Del Titanium... No es echar balones fuera, pero creo que lo más probable es que no tenga mucha relación con nitroglass.
Titanium restaura o en /data/app o en /system/app (según las tuviéramos instaladas originalmente). Luego los datos los mete /data/data en ambos casos. Podríamos pensar que a lo mejor alguna app no va bien en la EXT, pero eso es muy sospechoso, porque el script no sólo pasa las apps a la EXt sino que hace creer al sistema que la ext es la auténtica memoria interna...
¿Proceden las copias del mismo tipo de rom que donde estaban grabadas? ¿las originales estaban en mem interna o usaban algún script para pasar a la tarjeta? No es la primera vez que hemos reportado problemas al restaurar, simplemente por que no era la misma rom...
En fín, por el momento y sin entrar en más detalle, puedo asegurar que mi backup del titanium (que ya tiene muuuuchos meses) lo he restaurado muchas veces, en las dos machspeed con nitroglass y cero problemas....! Pero fíjate en el detalle: Nunca salgo de una 2.3.5.... Y si paso a otro tipo, o si la app es problematica, no restauro los datos...
Ahora mismo, con esos datos, no se me ocurre más...