Yo también tengo el rectángulo azul, lo importante es que aparezca el puerto COM y el mensaje de "Added".
Hoy he flasheado en Recovery oficial (Gracias Confar!) y desinstalado el SuperSU. A continuación he reseteado otra vez el contador con Triangle Away, y al momento me ha aparecido la OTA y se ha actualizado a 4.1.2
Ahora he vuelto a instalar el CWM y a rotear, todo OK!
Solo falta comprobar como funciona y que diferencias hay, por ahora no veo nada.