Hola buenas, te voy contestando a las preguntas:
Efectivamente, siguiendo ese tutorial no tendrás ningún problema.
Como detalle, ten en cuenta que al desbloquear el BootLoader se efectuará un borrado de archivos al igual que sucede con el HardReset
y deberías hacer una copia de tus archivos como bien ha dicho @dan22.
Correcto. Concretamente se trata de la carpeta EFS del sistema, la cual contiene el IMEI y la configuración necesaria para que tu Nexus sea "irrepetible" digamos.
No está mal tener una copia de dicha carpeta por si cometemos cualquier atrocidad.
Para realizar esto, es necesario ser Root. Hay un programa que extrae una copia de la carpeta EFS.
(Supongo que con algo muy importante te referías a esta carpeta en concreto)
El tema de las Roms es un mundo.
Puedes flashear la 4.1.2. Stock de Google y aplicar el FotaKill para evitar que te aparezca el mensaje de actualización vía OTA. Esta funciona de maravilla.
Yo ahora mismo llevo la CyanogenMod 10.0 Stable. Se basa en Android 4.1.2. y las opciones de personalización que ofrece son muy amplias y el funcionamiento es muy bueno. (Está la Cyano 10.1 Nightly, basada en 4.2.1).
También he probado la Pure de Veloz46 (4.1.1; 4.1.2; 4.2.1), las cuales funcionan muy bien. Ahora Veloz46 y su equipo ha sacado la nueva Apocalyptic (4.2.1) que está ofreciendo muy buenas impresiones y resultados.
Hay más como la XenonHD, la Paranoid, la Xylon,... eso es cuestión de ir probando y ver cual se adecua más a tus gustos.
Un saludo y espero que te hayan servido las respuestas.
