Eso me pasó a mi cuando utilicé la herramienta nueva (2.0). Utiliza la 1.1 y vuelve a darle.
Cuando lo tengais, instalar el recovery (mejor el non-touch, que se ve que el que trae el programita se mueve o algo de eso) y por último teneis que instalar el SuperUser. Para meter el superusuario (como me dijo a mi Basafre) mejor lo descargais de su pagina web (androidsu .com /superuser), lo meteis en la SD en zip y desde el recovery instalais "from zip".
En ese ultimo paso yo instalé dos cosas (en realidad no se si habia que hacerlo así, pero funciona, así que me vale jajaja) el superuser y el que pone "binary only" también.
