Me he fijado que una vez que tienes configurada una cuenta, si en lugar de sacar los settings desde el menu, haces una pulsacion larga sobre el nombre de la cuenta, tambien saca la configuracion, pero solo especifica para esa cuenta. Ademas, saca una opcion de opciones y carpetas donde se ven las carpetas que estan en el servidor. Por defecto solo sincroniza inbox, sent y trash; pero creo que ahi podreis sincronizar las carpetas personalizadas del servidor. Probad a ver si esto soluciona vuestro problema.