a mi me pasa a veces algo parecido con el JuiceDeffender, y es que si que me aparece la notificación del Whatsapp pero no suena el móvil con lo que no me entero y en ocasiones tardo más de una hora en responder... una vez que entro en el Whatsapp ya funciona con normalidad.
Es un poco raro, pero no sé si será de la ROM o del Whatsapp