El problema es el darktremor script, es un poco viejo y no ha recibido soporte desde la 2.3.4, por lo que en algunos ace con la 2.3.6 y varias apps de usuario a veces no monta bien la partición de la sd.
Esto causa que no se carguen las apps que no son de sistema (el holo launcher me imagino no lo tienes como app de sistema).
Entonces al arrancar regresa al launcher de fábrica y apps de fábrica. Los datos (/data) de las apps que siempre quedan en la memoria del móvil se reajustan (que incluyen cache de widgets y configuraciones que deben resistir un reinicio) y al reiniciar, aunque ahora sí monte la partición, parece como que tuvieras que volver a configurar las apps como recién instaladas.
