Jugueteando he "descubierto" que si haces el Wipe data/factory reset desde el Recovery CWM "la personalización se borra", en cambio si lo haces desde el original no.
Lo digo por si para evitar problemas, fuera necesario hacer los Wipes, sería un trabajón, pero creo que funcionaría. Desde el Recovery CWM, haces un Format /system e instalas la ROM, luego instalas el recovery original y haces el factory reset, luego vuelves al recovery CWM (si quieres).
Creo que el resultado será el mismo que habéis conseguido instalando la ROM sin hacer los Wipes, pero así te evitas posibles problemas por los restos de la ROM anterior.
Saludos.