Para conectar el móvil en modo service tienes que conectar primero el usb al ordenador y mientras mantienes la tecla "atrás" conectar el cable al móvil SIN SOLTAR EL BOTÓN DE ATRÁS cuando te lo pida el programa.
Si no te conecta en modo service instala los drivers que hay en la carpeta del flashtool.

Edit: Kratos ¿No sería mejor hacer el tutorial con imágenes?