¿Pero tienes montada la ext de la SD?
Para comprobarlo, en el Link2SD, tecla Menú, Info de almacenamiento. Ahí te aparece el espacio interno, Tarjeta SD (en Fat32), la 2ª partición en SD (la ext) y la de Sistema. Si te aparece esa 2ª partición, está montada y funcionando.
En el apartado de Aplicaciones de los ajustes de Android, la partición ext no aparece. Así que no te preocupes por eso.