Si flasheas un ftf con rom oficial usando flashtool, tendras todo como originalmente estaba (una rom oficial con kernel original).
El tener custom recovery no implica que puedas instalar cualquier rom, hay roms que permiten usar stock kernel (las basadas en roms oficiales) y otras que necesitan kernel custom. En este ultimo caso si o si necesitaras dicho kernel, si no no funcionara.
En caso de querer quitar el custom recovery, creo que con flashear un kernel oficial bastaria (usando flashtool dices que solo flashee el kernel y listo)
Espero que resuelva tus dudas.
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