Vamos a ver no se como esta montado el nuevo kernel,por mi experiencia no deberia pasar nada pero no puedo asegurartelo,los programas instalados si no haces wipe no deberian borrarse,para curarse en salud siempre es bueno hacer una copia completa de los programas que quieras conservar,osea programa y datos de programa.
Mi consejo particular,si no te hace mucho estropicio,dejalo correr,si no ,antes lee un poco y empapate del foro de pascal en el apartado roms,asi si tienes algun contratiempo sabras la solucion o al menos como volver a la rom original y de ahi empezar de nuevo.
si tienes alguna duda mas por aqui me paso de vez en cuando.
Saludos